uシートを装備する721系貫通6両編成は、今の姿に至るまで様々な改造や増結を経てきた。エアポート号増発もあり札幌周辺で第一線級の活躍を続けていたが、733系の増備が進みついに貫通6両編成でも廃車が発生している。
撮影地 函館線 白石〜苗穂間（苗穂ストレート）
3000番台は貫通6両編成で新製された100番台にuシート設置と最高速度130km/h化、さらに制御装置をVVVFインバータに更新した3編成と、中間車を増結して貫通6両編成となっていた0番台最終ロットのF-22編成に同等の改造を施したF-3122/3222編成をあわせた4編成が存在する。
撮影地 函館線 銭函〜ほしみ間（銭函東部踏切）
4000番台は1000番台を6両編成に増結し、uシート設置や130km/h対応改造を施した。もともと1000番台は3両編成で新製されており、4000番台編成では真ん中2両を除いた4両に転用されている。
4編成が増備された。
撮影地 千歳線 恵み野〜恵庭間（長都街道踏切）
5000番台は両方の先頭車が元1000番台で、中間車4両は別途新製された。見方によっては4000番台と兄弟のような存在と言えるだろう。3編成が増備された。
